In Obsidian ist es einfach möglich, durch Transklusion Inhalte aus einer Notiz in andere einzubetten, ohne sie zu duplizieren. Auf diese Weise lassen sich Informationen modular nutzen, und Änderungen an der ursprünglichen Quelle werden automatisch in allen eingebetteten Stellen übernommen.
Rückverweise oder sogenannte Backlinks sind Verknüpfungen von anderen Notizen zu jener, in der man gerade arbeitet, und zwar ohne, dass diese Notiz zu den anderen Notizen mit ausgehenden Links aktiv verweist. In Obsidian helfen Rückverweise im Sinne des Zettelkasten-Prinzips, Informationen besser zu organisieren, Zusammenhänge sichtbar zu machen und thematische Verbindungen aufzubauen, um so die Vernetzung von Ideen zu fördern.
Outlining ist eine einfache Methode, um Ideen, Konzepte oder Inhalte zu strukturieren und in einer hierarchischen Liste darzustellen. Obsidian ist in der Basisversion bereits mit einigen wesentlichen Outlining-Funktionen ausgestattet, die vermutlich für die meisten Benutzer ausreichend sind. Und für all jene, die mehr brauchen, gibt es Plugins zum Aufrüsten dieser Basisfunktionen.
Bookmarks bzw. Lesezeichen wurden als Weiterentwicklung der Favoriten-Funktion in Obsidian mit Version 1.2.7 im Mai 2023 eingeführt. Die Bookmarks bzw. Lesezeichen lassen sich für Dateien, Ordner, Canvas-Dateien, Graphen-Ansichten, Überschriften, Blöcke und Suchabfragen erzeugen. Insbesondere die gespeicherten Suchabfragen bieten vielfältige Möglichkeiten, um damit sogar das Dataview-Plugin zumindest teilweise zu ersetzen.