Leser von E-Books nutzen gerne und meist auch häufig die Markier- und Notizfunktion des E-Book-Readers. Um die markierten Stellen und Annotationen aus den gelesenen Büchern in Obsidian weiter verarbeiten zu können, gibt es je nach eingesetztem Lesegerät verschiedene Importmöglichkeiten mit externen Erweiterungen. Nutzer der Bücher-App von Apple können für diesen Zweck das ibook-Plugin verwenden.

Obsidian ist hervorragend als Leseliste für Bücher geeignet. Man kann sich damit und mit der externen Erweiterung Dataview ein Verzeichnis bauen, mit dem man gelesene und noch zu lesende Bücher verwalten kann. Dieses Verzeichnis nutzt als Datengrundlage einzelne Notizen zu den jeweiligen Büchern. Damit man diese Buchnotizen nicht selbst von Hand erstellen muss, kann man das mit dem Book Search-Plugin weitgehend automatisieren.